1906年，英国伦敦会与英美其他五个教会合作开办了协和医学堂，为协和医学院的前身。名为Union，即联合之意，被雅致地译成中文，称作协和。
1915年，洛克菲勒基金会收购协和医学堂。随后，洛克菲勒基金会投入资金进行新校建设。
1916年，负责设计协和建筑的柯立芝来华考察豫王府，决定设计建造一座中西合璧的有着宫殿式外观的校园和医院群建筑。
1917年9月由美国洛克菲勒基金会帮助建立北京协和医学院，开办医预科，附属医院为北京协和医院。首任校长为Franklin C.McLean，
1919年10月开办医学本科，学制为八年制。
1920年开办护士学校，来自约翰霍普金斯大学医学院的沃安娜（Anna D.Wolf）担任护校校长。
1921年9月，新校建筑完成。
1929年被国民政府教育部改名为私立北平协和医学院。
1930年，协和医学院获中华民国教育部认可立案。
1941年太平洋战争爆发后，美日处于战争状态，其医学院、医院和护士学校相继停办。1942年初，协和医学院被日军占领而被迫关闭。1945年日本投降后，中华医学基金会与协和医学院校董事会派代表从日军手中收回全部校产，重建协和医学院，并于1947年10月第一次复校。
1949年9月复称北京协和医学院。新中国成立后，该校由中央人民政府接管。
1950年学校停止招生。
1951年更名中国协和医学院。
1954年，开始研究生教育。
1957年并入中国医学科学院
1959年，经国务院批准，在原协和医学院的基础上成立了8年制的中国协和医科大学。
文化大革命期间，学校停办。
1979年8月复校，校名改为中国首都医科大学。
1982年，成为全国首批博士学位和硕士学位授予权单位。
1984年学校成立了夜大学。
1985年改为中国协和医科大学。
2002年9月教育部、卫生部签署共建“清华大学北京协和医学院”协议。
2006年9月5日，教育部、卫生部共建“北京协和医学院-清华大学医学部”大会暨揭牌仪式举行。北京协和医学院由中国教育部和卫生部双重领导，与中国医学科学院实行院校合一的管理体制。
2007年5月18日 ，根据教育部、卫生部共建协议《中国协和医科大学和清华大学关于落实两部协议的实施意见》，教育部《关于中国协和医科大学更名的通知》以及《国家事业单位登记管理局事业单位登记管理暂行条例实施细则》，中国协和医科大学正式更名为“北京协和医学院”。
鉴于与清华大学合作办学需要，有时使用“北京协和医学院—清华大学医学部”这一的名称。更名后，北京协和医学院仍为独立法人单位，原隶属关系、人员编制、资产关系和经费管理体制保持不变。
2017年9月，北京协和医学院入选世界一流学科建设高校名单。