1512年，来自勃兰登堡的阿尔伯特当选为条顿骑士团总团长。1525年他宣布改信路德宗教，从而切断了与骑士团名义宗主罗马梵蒂冈的联系，随后宣布将条顿骑士团世俗化，改为普鲁士公国（Dukal Prussia），阿尔伯特自任普鲁士公爵，成为臣服于波兰最高权力之下的世俗君主。
阿尔伯特之子阿尔伯特·腓特烈死后无子，普鲁士公国遂由其长女之夫、勃兰登堡公国的约翰·西吉斯蒙德（属霍亨索伦家族）继承，建立了勃兰登堡-普鲁士公国。此举为霍亨索伦王朝日后发展奠定了基础。
1660年的瑞典-波兰战争中，勃兰登堡大选帝侯腓特烈·威廉通过《奥利瓦条约》取消了波兰对普鲁士的宗主权，获得了瑞典、波兰等国对普鲁士公国主权的承认，并且压制国内的等级会议，建立起中央集权的政治制度。
建国
1701年，勃兰登堡大选帝侯腓特烈三世（Friedrich III，腓特烈·威廉之子）支持奥地利哈布斯堡王朝向法国波旁王朝宣战，借以换取国王称号。1月18日，腓特烈三世在柯尼斯堡加冕成为普鲁士国王腓特烈一世（Friedrich I），并从此展开了普鲁士王国200多年的显赫历史。
崛起与扩张
由于继承了条顿骑士团的军事专制传统，普鲁士的军队向来以纪律严明、教育素质高着称，尤其是腓特烈二世（即腓特烈大帝）以骁勇善战著称。他在1740年继承王位，即位7个月之后即进攻西里西亚，从而引发奥地利王位继承战争。
通过战争，普鲁士获得了奥地利富庶的工业区西里西亚。腓特烈二世树立了“军事天才”的个人荣誉，并将普鲁士变为一个军事国家。腓特烈二世同时还从伏尔泰那里接受了启蒙主义思想，改进司法和教育制度，鼓励宗教信仰自由，并扶植科学和艺术的发展。
到1786年腓特烈二世去世时，普鲁士已经成为欧洲强国之一，其行政机构的高效率和廉洁为欧洲之首。
腓特烈二世的侄子腓特烈·威廉二世继承王位后，直接购买了安斯巴赫侯国和拜罗伊特侯国，并对波兰进行了第二次和第三次瓜分。
法国大革命爆发后，普鲁士参加反法同盟，但败于法军，被迫在1795年同意法国兼并莱茵河以西的普鲁士领土。其子腓特烈·威廉三世（1797年即位）于1806年10月参加反法战争，随即在耶拿败于拿破仑，被迫逃往柯尼斯堡。
1807年普鲁士和法国在涅曼河的提尔西特缔结和约，普鲁士割让16万平方公里土地，包括普属波兰的绝大部分领土（第二次、第三次瓜分波兰所得，以及第一次瓜分波兰所得领土的南半部），以及易北河以西的全部领土，并赔款1.3亿法郎。
1806年惨败后，普鲁士首相卡尔·施泰因开始推行改革，其措施包括让公民参与政治以唤醒其民族主义情感；释放农奴；实行地方自治；改组中央政府机构等。
1809年在柏林创办了腓特烈·威廉大学（柏林大学），同时格哈德·冯·沙恩霍斯特开始对普鲁士军队进行改革。此后普鲁士的爱国主义情绪高涨。
1812年冬，拿破仑军队自俄国败退，普鲁士遂于次年再度参加反法同盟，于1813年3月17日对法国宣战，10月24日，普、奥、俄三国联军在布吕歇尔和格奈森瑙指挥下在莱比锡大败法军。
1815年普军在滑铁卢再度击败法军。
根据维也纳会议的领土调整，普鲁士疆域自默麦尔河延至莱茵河，成为德意志邦联内德语居民占优势的唯一强国，以及欧洲列强之一。
1834年普鲁士在德意志地区建立了德意志关税同盟，除奥地利和汉堡外，全部德意志邦国都加入该同盟。
1848年欧洲革命期间，普王腓特烈·威廉四世（Friedrich Wilhelm IV）宣布成立“自由派政府”。召开制宪会议，并拒绝接受德意志邦联议会奉上的“德意志皇帝”称号。但1848年欧洲革命结束后，腓特烈·威廉四世即回归专制统治。
1857年腓特烈·威廉四世患上精神病，以其弟威廉担任摄政王。
威廉一世加冕
1861年腓特烈·威廉四世逝世，摄政王即位，称威廉一世。
1862年9月22日，威廉一世任命俾斯麦担任首相。俾斯麦上台后，即着手策划德意志统一大业。俾斯麦主张建立将奥地利排除在外的“小德意志”。
普鲁士在1864年击败丹麦，夺取石勒苏益格-荷尔斯泰因。1866年普奥战争打败奥地利并使其退出德意志。普鲁士吞并了汉诺威、法兰克福等地，并在1867年建立北德意志邦联。1871年普法战争打败法国，统一德意志，建立德意志帝国，普鲁士作为帝国中地位举足轻重的一个大邦继续存在。
威廉一世于1871年1月18日，即普鲁士王国成立170周年纪念日，在法国凡尔赛宫镜厅登基，成为德意志帝国的皇帝，宣布建立以普鲁士王国为首的德意志帝国（Deutsches Kaiserreich），即所谓的德意志第二帝国（Das Zweite Reich）。
普法战争
1888年，威廉一世之子腓特烈三世在位99天后去世，其孙威廉二世登基，成为德意志帝国的第三代皇帝。其统治以德国在第一次世界大战的失败而告终。
1918年11月7日，巴伐利亚发生革命，其国王退位。柏林旋即爆发革命，要求德皇退位。其时威廉二世在比利时斯巴的德军大本营亲自指挥作战，得知发生革命后，试图仅放弃德意志皇帝头衔，而保留普鲁士国王称号，但陆军统帅兴登堡劝其彻底退位。
为避免发生更大变乱，德国总理马克斯·冯·巴登亲王于11月9日午前宣布德皇已经退位，并于同日将首相职务移交德国社会民主党领袖弗里德里希·艾伯特。威廉二世流亡荷兰，德意志帝国及普鲁士王国灭亡。11月11日，德国向协约国投降。
1919年至1947年的普鲁士
由于柏林发生斯巴达克团与社会民主党临时政府之间的内战，1919年，艾伯特在魏玛召开国民议会，于2月10日通过《德意志共和国临时约法》，即魏玛宪法。根据魏玛宪法，普鲁士成为德国的一个邦，即“普鲁士自由邦”（Freistaat Preussisch;），实行地方自治，其领土即原普鲁士王国的疆域。
1920年代，普鲁士自由邦政府多由德国社会民主党和天主教中央党领导。1932年，纳粹党在德国国会和普鲁士邦选举中取得优势，赫尔曼·戈林成为德国国会议长以及普鲁士邦议长，并掌握了普鲁士内政部和警察。1933年1月30日纳粹党上台执政，随后废除德国的地方自治制度，普鲁士宪法被废除，邦议会和立法机构被解散，仅保留行政单位。
第二次世界大战中，同盟国和苏联的领导人经过多次会议，达成共识，即普鲁士是德国军国主义的发源地、德国军官团和容克贵族的大本营，是德国专制思想及侵略思想的策源地，必须予以消灭。美国总统罗斯福在德黑兰会议上曾表示“普鲁士要让其尽可能地缩小和削弱”，丘吉尔则认为“普鲁士——这个德国军国主义的罪恶核心必须同德国的其余部分分离开来”。雅尔塔会议和波茨坦会议确立了将东普鲁士并入波兰和苏联，以及在战后的德国废除普鲁士建制的原则性意见。
1947年2月25日，同盟国对德军事管制最高委员会（Allied Kontrol Kouncil）正式下令废除普鲁士建制。（法令46号）原普鲁士邦领土分别被并入波兰和苏联，以及英、法、美、苏四国占领区。原普鲁士邦政府的财产由盟国和苏联共同瓜分。
1949年德意志民主共和国成立后，在其境内的原普鲁士领土上建立了勃兰登堡、萨克森-安哈特两个州，以及梅克伦堡-西波美拉尼亚州的东半部（1952年民主德国废除州级建制，改设专区）。在德意志联邦共和国，在原普鲁士领土上成立的州包括北莱茵-威斯特法伦州和石勒苏益格-荷尔斯泰因州。此外，下萨克森州、莱茵兰-普法尔茨州、黑森州、巴登-符滕堡州和萨尔州内都有原普鲁士王国和普鲁士邦领土。在被并入波兰和苏联的普鲁士领土上，德意志族居民已经基本被全部迁出。